Nesta fase, a classificação é decidida em jogo único, e um empate leva a decisão direto para os pênaltis, sem prorrogação e sem vantagem para o visitante.
O Fortaleza se classificou após vencer o Fluminense-PI por 3 a 0, já o Retrô superou o Manauara por 2 a 1.
O Retrô já garantiu premiação de mais de R$ 1,7 milhão somando os valores das duas primeiras fases da Copa do Brasil. Já o Fortaleza, por ser da Série A do Brasileirão, recebeu mais de R$ 3,2 milhões até aqui. A equipe que avançar para a terceira fase receberá mais R$ 2,2 milhões.