Nesta fase, a classificação é decidida em jogo único, e um empate leva a decisão direto para os pênaltis, sem prorrogação e sem vantagem para o visitante.
O Bahia se classificou após vencer o Moto Club por 4 a 0 no Nhozinho Santos, no Maranhão. Já o Caxias superou a Portuguesa Santista por 1 a 0 no Ulrico Mursa, em Santos.
Os dois clubes já garantiram uma premiação de mais de R$ 1,7 milhão somando os valores das duas primeiras fases da Copa do Brasil. A equipe que avançar para a terceira receberá mais R$ 2,2 milhões.